De 1599 a 1606, viviendo Caravaggio en Roma, comienza una etapa en su vida llena de escandalos y pasiones encontradas. Durante estos años Caravaggio tuvo múltiples problemas con la justicia provocados por peleas o agresiones debidas a su carácter conflictivo. Así, en 1601, Caravaggio hirió de espada en una pelea a Flavio Canonico,un antiguo sargento del castillo de Sant´Angelo, y fue encarcelado. Caravaggio fue excarcelado debido a la intervención del embajador de Francia. Poco después, en 1602, Caravaggio tuvo grandes disputas con su biógrafo Giovanni, entre las que se sucedieron demandas por ambas partes. Baglione le demandó por líbelo, más tarde por frecuenter chaperos, y Caravaggio repartió poemas satíricos ridiculizando a Baglione.

Entre 1604 y 1605 los encarcelamientos y las agresiones se sucedieron a gran ritmo, siendo ayudado por su protector, el cardenal del Monte. El hecho más destacado en este período es el intento de asesinato al notario Mariano Pasqualone. Éste le acusaba de vivir con Lena, una prostituta que posaba para él.

Finalmente, el hecho más grave fue el asesinato de Tomassoni. Sus protectores no pudieron hacer nada esta vez y sobre Caravaggio cayó un sentencia de decapitación que le obligó a huir de Roma. Caravaggio estaba jugando a la pelota con Tomassoni y los dos se enzarzaron en una pelea en la que Caravaggo acabó por asestarle una puñalda a Tomassoni que le causó la muerte.